138 papers
Deze studie presenteert een gecombineerd ODE- en PDE-computermodel, gekalibreerd met experimentele data uit een 3D co-cultuurplatform, om de interacties tussen endometriale epitheel- en stromale cellen onder invloed van hormonen en cytokines te kwantificeren en de homogeniteit van moleculaire blootstelling in deze complexe systemen te evalueren.
Dit onderzoek presenteert een nieuw stamcelverouderingsklokmethode die een transcriptieve leeftijdsafwijking (TAD) in acute myeloïde leukemie (AML) koppelt aan de prognose, waarbij een biologisch jongere toestand, veroorzaakt door oncofetale herprogrammering, een sterke onafhankelijke voorspeller is van slechte overleving en therapieresistentie.
Dit paper introduceert TRAILBLAZER, een generatief multicellulair model dat tissue als gecoördineerde systemen behandelt om nauwkeurige, mechanismebewuste voorspellingen te doen over patiëntspecifieke reacties op interventies, zelfs voor onbekende behandelingen.
Dit artikel presenteert een unificerend model dat dynamische systemen en controletheorie combineert om voorspellende inzichten in single-cell celschikking te bieden, waarbij het pseudotijd, RNA-velocity en optimale transport integreert om probabilistische besturing van celbestemmingen mogelijk te maken.
In deze studie wordt een verbeterd wiskundig model van het circadiaanse klokmechanisme in planten ontwikkeld en geanalyseerd via geavanceerde computationele methoden om de hiërarchische netwerkstructuur en de cruciale reguleringsmechanismen, zoals transcriptierepressie en lichtgestuurde synthese, te onthullen die zorgen voor robuuste oscillaties.
Deze studie introduceert mCanonicalTockySeq, een raamwerk dat single-cell RNA-sequencing combineert met een experimenteel verankerde moleculaire klok om de gezamenlijke dynamiek van signaalgeschiedenis en ontwikkeling in T-cellen te modelleren en cross-species analyses mogelijk te maken.
Dit paper introduceert MICA, een modelgebaseerd algoritme dat veranderingen in dynamische systeemparameters detecteert door simulaties te vergelijken met waarnemingsdata, en dit toepast op diverse scenario's zoals epidemiologie en windturbine-monitoring.
Dit artikel introduceert GeNETop, een methode die transcriptomica, fluxvariabiliteitsanalyse en netwerktopologie integreert om contextspecifieke, genomewijd metabole modellen te genereren die compatibel zijn met dynamische simulaties en de beperkingen van bestaande statische benaderingen overwinnen.
Deze studie presenteert een interpreteerbaar machine learning-kader, gekoppeld aan systeembiologie, dat de beperkingen van linkage disequilibrium overbrugt om causale genen en hun mechanistische functies in gist succesvol te ontrafelen.
Deze studie presenteert een multischaal computeraarchitectuur die atoomresolutiestructuren, interactomics en ruimtelijke stochastische modellering integreert om te onthullen hoe steroïde beperkingen en bindingsaffiniteiten de dynamiek van FGFR1-signalering bij cel-celinterfaces reguleren.
De auteurs hebben TheCellMap.org uitgebreid met ongeveer 89.000 kwantitatieve genetische interacties uit een CRISPR-gebaseerde analyse van de menselijke HAP1-celijn, waardoor gebruikers nu een interactief platform hebben om deze netwerken te visualiseren, te verkennen en aan te passen.
Dit artikel introduceert een flexibel raamwerk dat convolutionele autoencoders gebruikt om agent-based modellen voor tumordynamiek te optimaliseren door ruimtelijke patronen uit experimentele beeldvormingsdata direct te vergelijken met simulatie-outputs in een gedeelde latente ruimte.
Dit artikel introduceert BoolDog, een Python-pakket dat de constructie, simulatie en analyse van Booleaanse en semi-kwantitatieve netwerken voor complexe biologische systemen mogelijk maakt, inclusief de naadloze integratie van discrete modellen met continue differentiaalvergelijkingen.
In deze studie worden geavanceerde integratieve modelleringsmethoden, waaronder crosslinking-massaspectrometrie en AlphaFold, gebruikt om de structurele organisatie van HDAC1/2 in grote chromatinhermodelleringcomplexen op te helderen en te tonen dat de intrinsiek ongeordende C-terminale domeinen van HDAC1 in deze complexen vouwen tot alfa-helixen.
Dit onderzoek toont aan dat de heterogeniteit in het menselijke schildklierweefsel wordt gestuurd door een afweging tussen een actieve hormoonproducerende toestand en een stress-geïnduceerde beschadigingsrespons-toestand van thyrocyten, die ruimtelijk geclusterd is en een fundamenteel organisatieprincipe vormt voor dit orgaan.
Dit onderzoek toont aan dat geslachtsgebonden verschillen in de robuustheid van fysiologische netwerken leiden tot een hogere sensitiviteit van mannelijke biologische leeftijd voor mortaliteitsvoorspelling en levensstijlinterventies, wat impliceert dat oudere mannen ideaal zijn voor proefstudies, terwijl de ontwikkeling van specifieke biomarkerpanelen voor vrouwen een dringende prioriteit is om geroscience-trials effectief te maken.
Deze studie introduceert ADNeuronNet, een neuron-specifiek interactoomkaart van menselijke excitatoire neuronen, die nieuwe risicogenen en pathologische mechanismen in de ziekte van Alzheimer onthult, waaronder een nieuw BIN1-APC/C-APOE-regulatienetwerk.
Dit artikel presenteert het eerste thermodynamisch consistente, mechanistisch gefundeerde wiskundige model van de mitochondriale dicarboxylaatdrager SLC25A10, gebaseerd op een ping-pong-mechanisme en gecalibreerd via Bayesiaanse inferentie, dat inzicht verschaft in de rol van de drager bij het reguleren van succinaatniveaus en de invloed van mitochondriale morfologie op het transport.
Deze paper introduceert een verzameling van 1100 synthetische benchmarkproblemen voor het dynamisch modelleren van cellulaire processen, die zijn gegenereerd op basis van bestaande ODE-systemen om de evaluatie en optimalisatie van computeralgoritmen in de systeembiologie te ondersteunen.
De auteurs hebben een kostenefficiënt, hoogdoorvoerd in-vitroplatform ontwikkeld dat gebruikmaakt van omics-technologie om op menselijke immuuncellen gerichte senomodulatoren te screenen, waardoor de ontwikkeling van gepersonaliseerde behandelingen tegen immuunveroudering sneller naar de kliniek kan worden vertaald.