📄 Category

systems biology

163 papers

Systeembiologie kijkt niet naar losse onderdelen van het leven, maar naar hoe al die delen samenwerken als één groot, dynamisch geheel. In plaats van alleen genen of eiwitten te bestuderen, proberen onderzoekers in dit veld de complexe netwerken te begrijpen die cellen en organismen in stand houden. Het is de kunst om het grote plaatje te zien, waar duizenden interacties samenwerken om leven mogelijk te maken.

Op Gist.Science volgen we nauwgezet elke nieuwe preprint op bioRxiv binnen deze discipline. Wij verwerken elk onderzoek direct na publicatie en bieden zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat zowel leken als experts de inzichten kunnen benutten. Hieronder vindt u de meest recente bijdragen aan dit snel evoluerende veld, direct van bioRxiv en nu voor u uitgelicht.

📄 systeembiologie

INFORME: coupling information-theoretic experimental design with nonlinear mixed-effects modeling for efficient observation scheduling

Het artikel introduceert INFORME, een raamwerk dat Bayesiaans informatie-theoretisch experimenteel ontwerp integreert met nonlinear mixed-effects modellering om de planning van patiëntmetingen adaptief te beheren, waardoor het aantal vereiste scans aanzienlijk wordt verminderd en individuele behandelvoorspellingen worden versneld in vergelijking met vaste protocollen.

Cho, H., Tang, T., Lewis, A., Storey, K. M., Phan, T.2026-09-03
📄 systeembiologie

Predicting Cerebral Pericyte Contractility Across Experimental and Physiological Conditions: an in-silico framework

Deze studie introduceert en valideert een multiscale in-silico framework dat de elektrofysiologie van pericyten en intracellulaire calciumdynamiek koppelt aan de mechanica van de vaatwand, waarmee de capillaire contractiliteit succesvol wordt voorspeld onder diverse experimentele en farmacologische condities ter ondersteuning van therapeutische strategieën voor cerebrovasculaire pathologieën.

Coccarelli, A., Al-Areqi, A., Harraz, O. F.2026-09-03
📄 systeembiologie

The trade-off between parsimony and model complexity for understanding biomedical mechanisms from mathematical models

Dit artikel toont via ovariumcarcinoommodellering aan dat hoewel statistische metrieken zoals AIC en BIC helpen bij het balanceren van de fitheid van het model met parsimonie, het selecteren van het meest biologisch inzichtelijke model een bewuste afweging vereist tussen statistische eenvoud en de inclusie van essentiële fysiologische mechanismen om onidentificeerbaarheid en overfitting te vermijden.

Lamirande, P., Brunetti, M., Easlick, T., Beigmohammadi, F., Craig, M.2026-09-01
📄 systeembiologie

Regulatory stochasticity drives opposing phenotypic outcomes in cell-fate decision networks

Deze studie toont aan dat temporele fluctuaties in de sterkte van genregulerende interacties—specifiek additieve versus multiplicatieve ruis—tegenovergestelde fenotypische uitkomsten in cel-lotbeslissingsnetwerken kunnen drijven door de bezetting van co-expressie- en single-high-toestanden differentieel te hervormen, waardoor ontwikkelingssystemen naar ofwel progenitor-achtige of terminaal gedifferentieerde loten worden geduwd.

Hari, K., Gupta, A., Shivakumar, L. M., Kulkarni, P., Salgia, R., Jolly, M. K., Levine, H.2026-08-26
📄 systeembiologie

Quantitative Modeling of TLR Signaling Reveals Missing Negative Feedback Guiding Identification of TANK-IKKε Checkpoint

Door de ontwikkeling van een kwantitatief regelgebaseerd model van TLR4-signalering, dat een consistente onmogelijkheid onthulde om de deactivering van het pad te voorspellen, identificeerden onderzoekers een voorheen onbekende TANK-afhankelijke IKKε-checkpoint die de MyD88-IRAK1-TRAF6-module negatief reguleert om inflammatie te beperken.

Manes, N. P., Zhang, F., Lin, B., Sun, J., Hassan, S. A., Armstrong, A. A., Shao, Y., Calzola, J. M., Kaplan-Stafford, P (…)2026-08-16
📄 systeembiologie

Growth costs of protein allocation in models of growing cells

Dit artikel introduceert een niet-lineair groeibalansanalyse-raamwerk (GBA) om de fitnesskosten van suboptimale eiwitallocatie in groeiende cellen te modelleren, waarbij wordt aangetoond dat het rekening houden met complexe hulpbronnenafwegingen en enzymkinetiek voorspellingen oplevert die consistent zijn met experimentele patronen en een praktisch hulpmiddel biedt voor metabole engineering.

Szeliova, D., Liebermeister, W., Lercher, M., Dourado, H.2026-08-13
📄 systeembiologie

Metabolomic, lipidomic, and N-glycomic analyses of a human cell model of Krabbe disease reveal treatable deficits in glycosylation and serine-ceramide metabolism

Deze studie maakt gebruik van multi-omics-analyse van een menselijk Krabbemodel om nieuwe metabole ontregelingen te onthullen, waaronder verhoogde de novo ceramidesynthese en een aangetaste N-glycosylering, die veelbelovende therapeutische strategieën suggereren waarbij tezacaftor-gemedieerde substraatreductie en galactose-supplementatie betrokken zijn.

Starosta, R., Saeger, H., ten Hoeve, J., Kim, S., Van Hove, J. L. K., Jiang, X., He, M., Bennett, N. K.2026-08-13
📄 systeembiologie

Projection criteria and information risks forzero-dimensional biological dynamics across molecular,epidemic, and ecological systems

Deze studie stelt vast dat de exactheid van het projecteren van ruimtelijke stochastische biologische systemen op nuldimensionale telgebaseerde modellen afhangt van een geaggregeerde raten-lumpbaarheidsvoorwaarde, en demonstreert dat informatie-theoretische risico's afgeleid van ruimtelijke correlaties dienen als robuuste, overdraagbare diagnostica voor het voorspellen van het praktische falen van dergelijke mean-field benaderingen over moleculaire, epidemische en ecologische schalen.

Oosawa, C.2026-08-10